Le compagnie junior racchiudono dei veri e propri percorsi pedagogici rivolti a giovani e giovanissimi che usano il teatro come strumento d'indagine per affrontare temi come l'intercultura, l'accoglienza e la convivenza pacifica tra i popoli. Negli ultimi anni si sono costituite tre compagnie diverse composte da adolescenti e post adolescenti: I ragazzi della Scena dell'Incontro, il Gruppo Crossing Paths e il Gruppo ALF.

Tutto è cominciato nel 2006 quando, all'interno de La Scena dell'Incontro, la rassegna interculturale che il TdA organizza ogni estate in luglio tra Bologna e San Lazzaro, un gruppo di ragazzi dai 16 ai 25 anni si è incontrato in sala prove per guardare e tentare di raccontare il mondo attraverso il teatro. Hanno affrontato temi, parole, persone e racconti provenienti da cinque zone disagiate del mondo: le storie dei catadores (raccoglitori di rifiuti) del Brasile, dei minatori della Bolivia, degli orfani di guerra del Mozambico, degli uomini e donne alla ricerca della libertà in Iran, delle due parti in lotta in Palestina e Israele. Divisi in cinque gruppi corrispondenti ai cinque paesi, questi giovanissimi attori hanno lavorato sotto la guida di giovani registi e di giovani drammaturghi (e sotto la supervisione dei membri più "anziani" della Compagnia del TdA e di Gigi Gherzi, attore e autore milanese) per debuttare con gli spettacoli Sulle dita di una mano e Viaggio attraverso l'accampamento mondo. E' proprio con questi due spettacoli che è nata la compagnia de I ragazzi della Scena dell’Incontro. 
L'anno successivo i giovani attori si sono invece avventurati nella propria città, per riscoprirla, intervistando loro coetanei di origine non italiana. Anche quelle storie e quelle suggestioni sono state raccolte, trascritte e trasformate in uno spettacolo, Matrimonio a Babele, diretto ed interpretato da un cast ancora una volta tutto under 26. 

Il Gruppo Crossing Paths è nato nel 2011, nell’ambito dell’omonimo progetto europeo (Programma Cultura 2007-2013), un’entusiasmante avventura che ha visto coinvolti ragazzi italiani, inglesi e danesi di molte diverse origini e che ha intrecciato questioni e temi cari da anni al lavoro del Teatro dell’Argine: il teatro come strumento di crescita, comunicazione e dialogo interculturale, il tema della povertà, dell’esclusione sociale e l’intercultura. La compagnia, composta da ragazzi tra i 16 e i 22 anni di diverse nazionalità e provenienti da differenti scuole superiori del territorio, si è dunque formata per riflettere e affrontare, attraverso le arti performative, queste importanti tematiche della nostra contemporaneità. Il debutto è stato a maggio 2011 con lo spettacolo Sillabario della giovinezza. Data l’incredibile esperienza, il TdA ha voluto garantire un follow-up al gruppo interculturale, strutturando per la “giovane compagnia” un preciso percorso laboratoriale. Nel 2012, infatti, è stato presentato il loro nuovo spettacolo: Diario di una follia di Stato (2012), frutto di un nuovo cammino di riflessione a partire da Il castello di Kafka, dal tema della follia e dell'esclusione sociale.